MRlap:R程序包使用(可能)重叠的样本执行两样本孟德尔随机化(MR)分析 源码

MRlap :information: MRlap仍在积极开发中。 概述 MRlap是一个R程序包,仅使用GWAS摘要统计信息即可使用(可能)重叠的样本执行两样本孟德尔随机化(MR)分析。 由于暴露和结果样本之间的重叠,使用较弱的工具和获胜者的诅咒,因此MR估算可能会受到不同类型的偏见。 我们的方法使用跨特征LD评分回归(LDSC)来近似重叠,从而同时解决所有这些偏差并进行校正。 使用我们的方法估算校正后的效果可以作为敏感性分析:如果校正后的效果与观察到的效果没有显着差异,则可以安全地使用IVW-MR估算值。 但是,当存在显着差异时,应首选校正效果,因为它们应减少偏差,而与样品重叠无关。 该软件包建立在 R软件包的基础上,以执行交叉特征LDSC和 R软件包,以进行反方差加权(IVW-)MR分析(和仪器修剪)。 只有一种功能可用: MRlap() 执行LDSC,IVW-MR分析并提供校正的因果效应估计的主