BeeDeeM:生物信息学数据库管理系统 源码

BeeDeeM :生物信息学数据库管理系统 BeeDeeM是一个通用的乙ioinformatics d atabank中号anager。 它提供了一套命令行和UI软件,用于安装和使用主要序列数据库和生物学分类。 它是的理想伴侣。 主要特点 BeeDeeM自动执行: 从远程站点下载数据库文件(通过FTP,Aspera), 解压缩文件(gzip文件), 解压缩文件(tar文件), 本地序列库(例如Genbank)到FASTA文件的转换, 从本地序列库格式以BLAST格式准备数据库, 对Genbank,Refseq,Embl,Genpept,Swissprot,TrEmbl,Fasta,Silva和BOLD文件建立索引,从而可以通过序列标识符进行高效查询, 序列特征和本体数据(NCBI分类法,基因本体论,酶委员会和Intepro域)的索引, 从带注释的序列库中准备分类学子集,