TreehopperSeq:实用程序脚本数据分析管道以及带有非模型生物的RNA Seq的文档的集合 源码

TreehopperSeq 实用程序脚本,数据分析管道和非模型生物RNA-Seq的文档的集合。 此仓库中使用的软件: 三位一体(trinityRNAseq)/领结/ RSEM TRIMMOMATIC 领结2 EnTAP R(生物导体包装) RNA-Seq读取处理管线 TODO为RNA QC管道和自述文件添加脚本。 高质量修剪显示为“完成” 条PolyA尾巴完成 集合 制作小的测试数据集 注释和装配优化 TODO添加用于使用EnTAP注释读段的脚本,使用USEARCH来聚簇蛋白质组,并添加脚本来选择代表聚簇蛋白质组(改良的程序集)的核苷酸序列。 文件包括一个R Notebook