atacseq_pipeline:BSF ATAC seq管道 源码

ATAC-seq数据处理管道 开发该管道用于处理原始/未对齐的ATAC-seq数据,以生成峰值调用,QC报告和主题发现结果。 管道可以以未对齐的BAM格式处理单端和双端读取。 1-安装 克隆此存储库。 安装required_software.txt列出的软件。 安装适用于MultiQC的atacseq插件: python3 /path/to/atacseq_pipeline/multiqc_atacseq/setup.py install 收集atacseq_config.yaml文件中列出的所有参考数据,并使用正确的路径更新文件。 该文件包含不同项目之间通用的管道配置。 2-运行管道 2.1-设置新的分析/项目 对于每个项目,您需要准备一个项目配置( .yaml )文件和一个示例注释表( .csv )。 您可以在项目配置文件中设置项目名称,输出路径,基因组版本等。 样本注释表应为每