SWAPHI LS: Alignment on Xeon Phi Cluster:Smith Waterman在Xeon Phi簇上的长DNA序列比对 开源

第一个并行的Smith-Waterman算法利用Intel Xeon Phi群集来加速长DNA序列的比对。 该算法是用C ++(具有一组SIMD内部扩展),OpenMP和MPI编写的。 性能评估表明,我们的算法实现了非常稳定的性能,在单个至强融核上产生高达30.1 GCUPS的性能,在共享一个主机的四个至强融化上产生高达111.4 GCUPS的性能。