scIdx:使用Alevin创建诱饵识别索引以进行scRNA seq定量 源码

单细胞 此回购包含了一些代码来构建与scRNA-SEQ数据的量化诱饵感知指数。 conda正在安装软件,有关确切的软件版本,请参见。 创建一个Alevin指数 基于Gencode注释(vM25,小鼠),使用整个基因组作为诱饵,与Alevin进行选择性比对,创建一个包含剪接和未剪接计数的索引。 我们可能永远不会需要速度,但是如果需要的话,那么使用此索引就可以轻松获得它。 为此,创建一个单独的conda环境。 #/ Create the envir: conda create --name alevin_idx #/ Save the software with the respective versions (#software-versions-used) as a plain text file alevin_idx_software.txt and then run: conda in