ParmEd:参数拓扑编辑器和分子模拟器 源码

ParmEd 跨程序参数和拓扑文件编辑器以及分子力学模拟器引擎。 徽章 描述 ParmEd是一种包装,旨在促进创建和轻松操纵常见的经典力场充分描述的分子系统。 支持的力场包括Amber,CHARMM,AMEOBA以及其他共享相似功能形式的场(例如GROMOS)。 ParmEd能够读取和写入各种不同的文件格式,例如Amber拓扑和坐标文件,CHARMM PSF,参数,拓扑和坐标文件,Tinker参数,拓扑和坐标文件等。 富有表现力的中央数据结构( Structure类)使快速,安全地操纵化学系统,其基础拓扑和描述其势能函数的力场参数变得容易。 ParmEd有两个部分-一个文档化的API,您可以将其合并到自己的Python脚本和程序中,以及一个GUI / CLI对程序,它们提供了一种快速对化学系统进行各种修改以进行快速原型制作的方法。 该API还提供了与库的绑定,使您可以在高性能硬件(