Gadi Trinity 源码

加迪三位一体 描述 该存储库包含一个可在国家计算基础设施(NCI)的Gadi超级计算机上运行的分阶段的Trinity工作流程。 Trinity通过结合三个独立的软件模块Inchworm,Chrysalis和Butterfly进行RNA-seq读取,从头进行RNA-seq数据的转录组组装。 该算法可以检测同工型,处理双末端读取,多个插入片段大小和多态性。 有关更多信息,请参见。 Gadi-Trinity工作流程利用NCI Gadi上的多个节点并行运行多个Butterfly进程。 此工作流程适用于单个样本和小于2 Gb的基因组的整体装配。 设置 该存储库包含运行Gadi-Trinity所需的所有脚本和软件。 在运行此工作流程之前,您需要执行以下操作: 从github克隆Gadi-Trinity存储库(请参见下面的“安装”) 通过从resources目录运行create-apps.sh来准