mdtraj:一个开放的库用于分析分子动力学轨迹 源码

MDTraj:用于分子动力学轨迹分析的现代开放库 仅使用几行Python代码即可读取,编写和分析MD轨迹。 使用MDTraj,您可以 读取和写入每种可以想象的MD格式( pdb , xtc , trr , dcd , binpos , netcdf , mdcrd , prmtop , gsd等) 运行极快的RMSD计算(4倍于原西奥博尔德QCP的速度)。 使用大量的分析功能,例如键/角/二面体,氢键识别,二级结构分配,NMR观测值。 使用轻量级的API ,重点是速度和矢量化操作。 有关详细信息,请访问的网站。 要参与其中,请查看和/或用户论坛 。 引文 MDTraj是研究软件。 如果您在科学出版物中使用MDTraj,请引用它。 BibTeX参考是 @article{McGibbon2015MDTraj, author = {McGibbon, Robert T. an