Biga2020 源码

Biga2020是该论文中使用的代码的存储库:“ HES5的动态,空间周期性微模式是小鼠脊髓神经发生的基础” 它具有三个主要部分,其中包含以下方面的自定义例程: 模型-HES5的多细胞随机模型,包含自我抑制以及具有时间延迟的细胞间Hill功能,以表示一个细胞中的蛋白质如何通过Notch-Delta影响相邻细胞的转录; 单元排列在2D网格中。 数据分析(更新中)-使用自相关方法和统计显着性检验来分析运动记录仪数据的空间周期性; 该代码还包含使用Lomb-Scargle周期图方法进行的频率分析。 Microcluster_Quantification(更新中)-基于核分段图像的图像处理例程,用于检测和自动计数微簇中的细胞。 每个文件夹中的例程都可以下载并彼此独立运行。