protein ebm:基于能量的原子分辨率蛋白质构象模型 源码

基于能量的原子分辨率蛋白质构象模型 Pytorch实施已被ICLR 2020接受(具有聚光灯)。 包括训练代码,模型,数据集和预先训练的模型权重。 依存关系 要安装项目的依赖项,请执行 pip install -r requirements.txt 为了重现性,我们在论文中列出了用于生成结果的软件包,但是这些软件包的其他版本可能会给出相似的结果。 下载数据集 1. Rotamer库 首先,获得用于负采样的(935.0 MB)。 wget https://dl.fbaipublicfiles.com/protein-ebm/dunbrack_rotamer.tar.gz tar xvzf dunbrack_rotamer.tar.gz 如有必要,请更新config.py ROTAMER_LIBRARY_PATH以指向未压缩的tar.gz父目录中的original/目录。 2.蛋白质结构 接