chipPCR:辅助功能的工具包用于预处理扩增数据 源码

chipPCR软件包是用于预处理扩增曲线数据的工具包。 扩增数据可以从常规PCRReact或等温扩增React获得。 该软件包包含归一化和基线扩增曲线的功能,检测扩增React开始的程序,用于扩增数据的多个平滑剂,区分正负扩增React的功能以及确定扩增效率的功能。 平滑器基于LOWESS,移动平均值,三次样条,Savitzky-Golay等。 此外,第一近似近似导数最大值(FDM)和第二近似近似导数最大值(SDM)可以通过5点模板作为实时放大曲线的量化点进行计算。 chipPCR包含实验核酸扩增系统的数据集,包括VideoScan HCU和毛细管对流PCR(ccPCR)系统。 扩增数据是通过在各种温度条件下通过解旋酶依赖性扩增(HDA)或聚合酶链React(PCR)生成的。 作为检测系统,使用了嵌入染料(EvaGreen,SYBR Green)和水解探针(TaqMan)。 安装 chi