SNPsplit:等位基因特异性比对排序 源码

等位基因特异性比对排序 有关将UCSC / NCBI基因组与Mouse Genomes Project的VCF文件结合使用的说明 当将UCSC或NCBI的基因组与Mouse Genomes Project(MGP, )的VCF文件结合使用时,一些用户遇到了问题。 原因是MGP使用Ensembl的染色体坐标(即1, 2, 3, X, MT ),而UCSC使用的染色体名称看起来像这样: chr1, chr2, chr3, chrX, chrM 。 我们最近在SNPsplit基因组准备脚本中添加了一项检查,如果检测到染色体名称差异,该检查将自动生效( )。 但是,可以通过以下方式将VCF文件转换为UCSC兼容版本:(a)将染色体名称从例如1更改为chr1以及(b)在VCF文件头的ID字段中添加更改的染色体名称。 通常没有必要将线粒体的名称从MT更改为chrM因为无论如何都不会为MT记录SN