从基因表达数据有效挖掘局部保守簇

大量研究表明,挖掘基因表达数据对于生物信息学研究和生物医学应用都是重要的。 但是,大多数现有研究仅关注共同调控的基因簇或新兴模式。 实际上,另一种分析方案,即同时挖掘表型和诊断基因,在生物学上也很重要,到目前为止,这种方案很少受到关注。 在本文中,我们探索了局部保守基因簇(LC-Cluster)的新概念来解决这个问题。 具体来说,LC-Cluster包含一个基因子集和一个条件子集,以使这些基因仅在条件子集上显示稳定的表达值(而不是先前工作中同步定义的一致模式的上升和下降),而并非全部给定条件。 为了避免子空间搜索中的指数增长,我们进一步提出了两种有效的算法,即FALCONER和E-FALCON