popHap_simulations:运行模拟以进行人口单体型 源码

模拟 此仓库的目的是允许用户在一系列多样性条件下模拟我们的“人口单体型”管道。我们在此使用的重点示例来自Heliconius erato系统。 从广义上讲,此模拟方案创建了一组具有不同单倍型的二倍体个体,并允许它们之间进行重组。然后,它针对每个单倍型模拟短读(具有罕见的测序错误),并针对规范的参考基因组装配进行映射。一个单独的Perl脚本将模拟分子(每个分子均由beadTag的SAM标签“ BX”标记),然后从映射的读取集(作为BAM文件)中进行选择,以形成链接的读取。然后将成对的带有BX标签的单倍体BAM文件合并为二倍体BAM。 此时,可以选择对BAM文件集进行分子子采样( BX标签),以反映变化的测序范围。 然后,由STITCH处理带有BX标签的整个二倍体BAM文件的整个集合(可选地二次采样),以执行总体水平的统计定相,基因分型和插补。此处的特定参数可以修改,但在此处进行设置以复制用于