COVID随机拟合:用于将随机模型拟合到COVID数据的存储库 源码

COVID随机拟合 代码和数据存储库,用于拟合美国SARS-CoV-2传输的州级随机模型。 概述 请访问网站链接以获取有关模型的说明,拟合过程,结果以及更多详细信息。 简而言之,该存储库包含重现我们的工作所需的数据和代码,该工作适合SEIR模型,以适用于美国50个州的SARS-CoV-2病例和死亡的每日报告。 我们的工作严重依赖R包盛况。 如何产生结果 与生成结果相关的三个主要例程: 下载数据并为每个状态创建pomp模型对象 拟合模型使用盛况::数据mif2功能通过迭代滤波来执行最大似然估计。 从拟合模型进行仿真和投影 对所有50个州的模型进行拟合在计算上要求很高,并且需要使用高性能计算集群。 此存储库中的所有脚本及其后续说明均设置为在乔治亚大学的HPC上运行。 这些脚本还假定您有权访问GACRC sapelo2群集上的Drake Lab covid19_p资源。 工作流程 使用uga