UCE_phyluce_pipeline:UCE生物信息学管道 源码

注意:此存储库最初是由Wilson X Guillory 创建的。 Connor French,Morgan Muell,Evan Twomey和BreAnn Geralds也已经审核并优化了该管道的某些部分。 brownlab工作流程 这是Brown实验室使用的系统植物学工作流程的教程,在这里我们使用揭示进化历史,主要是在新热带毒蛙(Dendrobatidae)中。 在本教程中,我将提供示例数据,并带您完成读取处理,序列组装,基因座匹配的读取和序列比对的步骤,最后提供一些可以对UCE数据进行的系统发育分析的示例。 内容 目录结构和示例文件 在本教程中,我将使用Linux机器(名为Bender)执行所有步骤。 我们首先需要创建一个目录来放入示例数据。 在我的示例中,我将在Linux命令行(终端)上使用Bash命令,但是许多平凡的命令(切换目录,移动文件,创建目录)也可以简单地使用桌面界面来