DEST AglyPoolseq:这是DEST存储库的修改版本。 它包含用于映射管道的已修改脚本 源码

DEST-AglyPoolseq 修改后的脚本,用于DEST数据集的映射和质量控制。 修改了管道和Dockerfile以与Aphis甘氨酸基因组一起使用。 元数据 populationInfo\ :具有来自现场和实验室人口的补充数据。 PoolSeq映射管道 mappingPipeline\ :包含dockerized映射管道。 下载数据,生成bam文件,过滤器文件,gSYNC文件 合并DGN数据 add_DGN_datda\ :下载,格式化DGN数据,并将其转换为gSYNC格式。 未在该项目中使用。 SNP呼叫 PoolSNP4Sync\ :基于gSYNC文件的SNP调用SNAPE\ :基于快照输出的SNP调用 实用程序脚本 utility\ :(a)下载单个文件; (b)