Metagenome assembled genomes workflow:从shot弹枪测序的元基因组构建元基因组组装基因组(MAG)的工作流程 源码

自述文件 描述: 此工作流采用一组输入的shortgun测序元基因组,并使用当前可用程序构建元基因组组装的基因组(MAG)。 该工作流包括可以提交给PBS / TORQUE作业计划程序的作业脚本,但可以将其转移到其他集群。 按照自述文件运行此工作流程。 Snakemake工作流程 包含megahit汇编器和用于重建MAG的metabat2分箱工具的工作流程的简化版本被写入了蛇形工作流程。 要运行此工作流程,请遵循snakemake-workflow中的自述文件 元基因组的可视化 对于元基因组,分类和功能注释的可视化,此处提供了可用的R脚本 运行脚本的步骤 首先设置脚本运行以下命令,将找到以.sh扩展名保存的作业脚本,并替换电子邮件地址并添加路径,以确保将CHNAGE MY EMAIL ADDRESS此处发送给您, for f in */*.sh; do sed -i 's/YOUREM