circrna:circRNA定量差异表达分析和miRNA靶标预测RNA Seq数据 源码

RNA-Seq数据中circRNA的定量,差异表达分析和miRNA目标预测分析的工作流程。 介绍 nf-core / circrna是一种生物信息学流水线,用于定量,miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析(当前支持总RNA-Seq配对末端测序数据,已映射至智人Gencode参考基因组GRCh37, GRCh38 v34)。 pipleline已以模块化方式开发,除了circRNA定量外,还允许用户选择miRNA靶标预测,差异表达分析(或两者),以促进围绕circRNA参与竞争内源RNA网络的假设。 该管道是使用构建的, 是一种工作流工具,可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有docker容器,使安装变得简单,结果可高度重现。 管道摘要 默认情况下, nf-core/circrna使用所有3个分析模块: circrna_discovery