ISDTool:用于预测HERV免疫抑制域的计算模型

已发现人类内源性逆转录病毒(HERV)在几种慢性疾病中起病因辅助作用,包括癌症,自身免疫和神经功能障碍。 免疫抑制域(ISD)是逆转录病毒包膜基因(env)中跨膜蛋白(TM)的保守区域。 在体外和体内,证据表明逆转录病毒TM具有高度的免疫抑制作用,与​​ISD具有同源性的合成肽(CKS-17)可以抑制免疫功能。 ISD可能是HERV中潜在的致病因素。 然而,到目前为止,研究人员仅对不到100个IRV的HERV进行了注释,并且用于域预测的通用软件无法实现针对特定ISD的足够准确性。 在本文中,提出了一种仅基于基因组序列来识别HERV中ISD的计算模型。 使用杰克刀测试,它的分类精度为97.9%。 用该模型扫描了117个HERV家族,预测了1002个新推定的ISD,并在人类染色体中添加了注释。 由于内源性和外源性逆转录病毒之间的进化关系,该模型也可用于搜索人T嗜性病毒(HTLV),猿猴T嗜性病毒(STLV)和鼠白血病病毒(MLV)中的ISD。 此外,还开发了名为ISDTool的软件来促进模型的应用。 本文涉及的数据集和软件均可在https://sourceforge.net/project