ID16S:该管道从16S序列的multifasta文件中重建细菌物种的组成 源码

目录 介绍 ID16S流水线从16S扩增子序列的multifasta文件中重建细菌物种的组成。 推论来自针对NCBI 16S微生物数据库的同源性搜索。 该管道在使用16S Barcoding Kit(SQK-RAB204)获得的Nanopore 1D读数上进行了测试。 鉴定准确度与Nanopore测序读数的准确性相当。 该管道应适用于所有16S数据集,但较长的序列读取是可取的。 请注意,对于大型数据集,即使使用megablast算法,BLAST同源性搜索也需要一段时间才能完成。 对更快的工具感兴趣的人应该看看 。 后者基于kmers,比BLAST方法要快得多,但由于其纳米精度较低,因此对Nanopore读取的召回率较低。 用于从纳米Kong召回率的优异比较BLAST和Kraken2读取,请参阅本由皮尔曼等。 依存关系 选修的 (用于FAST5碱基检出) 安装 要使用Git从命令行下载