Progenepredict:该存储库包含基于python的Progenepredict程序该程序基于开放阅读框和Shine Dalgarno序列在原核基因组中

Progenepredict自述文件 Progenepredict软件基础: Python编程语言(v3.9.2) 用于数组计算的软件包NumPy(v1.20.1) 简介和工作流程 介绍: Progenepredict是原核基因组中从头基因预测的工具。它的预测过程基于调查所有阅读框,以了解在其起始密码子附近带有Shine-Dalgarno(SD)序列的开放阅读框(ORF)的存在。 工作流程: 输入文件: FASTA文件,其中包含与原核基因组正向链(5'至3')相对应的序列。 程序: 1.反向补体链是基于前导链创建的 2.使用以下机制在前导链上进行三步迭代,以扫描ORF。对于每个阅读框: 2.1当前密码已创建 2.2评估密码子是否为: SD序列后的起始密码子(通过采用Smith-Waterman序列比对算法进行评估) 终止密码子 以上都不是 连续执行第二步,直到找到识别与编码序列相