AB_barcodes:代码以生成与Visium空间转录组学兼容的DNA偶联抗体的抗体条形码 源码

AB_条形码 编码以生成与Visium空间转录组学兼容的抗体条形码。 为了使用来自10x基因组学的Visium空间基因表达溶液使用DNA偶联抗体对蛋白质进行多重分析,需要生成与空间条形码不重叠的AB条形码以区分这两组条形码。 这里已为此目的生成了代码,特别是: n个随机生成的长度为l的条形码(此处为100个16核苷酸长度的条形码) 任何AB条码与任何Visium空间条码之间的汉明距离至少为6 任何AB条码与任何其他AB条码之间的汉明距离至少为7 GC含量与Visium空间条形码在同一范围内(25%-75%) 任何AB条码的不超过3个相应碱基 依存关系 的Python 3.8.5 脾气暴躁的1.19.2 其他版本的Python和Numpy也可能有效