DENR:使用PRO seq选择最活跃的转录成绩单模型 源码

标题 作者 丹尼尔 诺亚·杜克勒(Noah Dukler) 借助转录本水平分辨率对新生RNA测序数据进行定量 安装 DENR包 可以使用以下代码行安装软件包: devtools::install_github("CshlSiepelLab/DENR") Tensorflow和Keras 该TSS的识别方法使用深层学习框架Keras和Tensorflow 。仅支持tensorflow 2.0或更高版本。请注意,R tensorflow软件包的版本tensorflow在tensorflow使用的python版本不同。要检查它是否运行。 tensorflow::tf_config() 从R安装tensorflow和keras的说明可以在找到。 概述 DENR对新生的RNA测序数据进行基于注释的转录水平定量。尽管它是基于PRO-seq数据开发的,但通常应适用于任何经过处理的新生测序数据集,