变量重新映射:用于在两个任意FASTA程序集之间重新映射VCF变量的管道 源码

变量重映射 用于以FASTA格式在两个任意程序集之间重新映射VCF变量的管道。 不需要链文件。 方法:从每个变体的侧翼序列创建读段,然后使用bowtie2将它们映射到新的程序集。 目前,它仅是SNP和短indel,但尚未通过更大或更复杂的变体进行测试。 先决条件 要运行此管道,您将需要安装和配置 。 管道使用需要在本地下载和安装的其他软件。 您可以手动获取它们,也可以使用 。 使用conda安装 git clone https://github.com/EBIvariation/variant-remapping.git conda env create -f conda.yml conda activate variant-remapping pip install -r requirements.txt 无conda安装 下载并手动安装以下程序,并确保可执行文件在您的PATH 然