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例程_qiime2_analyses:命令行工具用于编写命令以逐一运行以在运行扭矩的HPC上执行标准qiime2分析 源码

上传者: 2021-04-06 01:29:46上传 ZIP文件 547.3KB 热度 7次
例程_qiime2_analyses 描述 等工具,运行微生物组多样性分析变得非常容易。 但是,使用许多命令行执行基本步骤,例如以正确的格式导入文件,子集设置以删除稀有物种,尤其是在高性能计算机(HPC)上运行,可能会很麻烦。 该包装器执行与分析中相同的操作,并且可以使用进行更高效的。 但是,这是为使用或调度程序访问HPC的用户量身定制的版本,并且安装了conda和qiime2 conda环境。 在这里,它允许用户传递带有.tsv或.biom文件的文件夹,该文件夹与微生物组到样品特征表相对应,为此存在另一个包含这些样品元数据的文件夹,并自动运行一系列分析: 功能过滤 提取生命网系统发育子树(仅适用于使用gOTU管道生成的特征), alpha多样性分析(目前,使用“ observed_otus”,“ pielou_e”,“ shannon”指标), beta多样性分析(目前,使用“
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