HMMploidy:使用隐马尔可夫模型从基因型可能性和覆盖率计算倍性水平的工具 源码

HMM倍性:基于基因型和覆盖率的隐马尔可夫模型,用于推断倍性水平。 推断倍性水平,检测非整倍性和其他物质的工具。 计算其等位基因频率和基因型可能性,需要下载以下内容: python 3,带有gzip, numpy, scipy, statistics软件包 R,带有pracma, data.table, Rcpp, getopt包pracma, data.table, Rcpp, getopt samtools 多倍体数据模拟 概述:模拟多倍体生物并以mpileup.gz格式输出 simulationScript.sh -p $FILE -d $DEPTH -l $LOCI -o $OUTNAME 输入 -p或--ploidyFile :包含所需模拟数据的文件(请参见下文中的sintax)。 ploidyFile每一ploidyFile包含倍体数和基因组$ J $的$ K $相邻片