SMAP 源码

小号充足马tching进行大规模大的P roteomics(SMAP) 一种基于一致性和特异性得分的组合来验证和纠正样品身份的管道。 SMAP首先使用蛋白质组学方法从基于多重等压标记的定量蛋白质组学数据中检测变异体肽,然后根据变异体肽的表达水平推断每个样品的等位基因信息。 强调 使用突变肽获得肽的染色体和起始位置 使用肽段的染色体和起始位置提取相应文件中的相应参考肽段 从参考肽和突变肽的数量结果文件中提取定量数据。 性别信息不是必需的,但具有基于遗传的性别和报告的性别都将有助于识别真实的ID。 软件需求 Linux操作系统 开始吧 用户可以使用以下脚本来检测和更正样本。 perlpipeline.pl> result.txt 输入文件示例 SNP和蛋白质数据库 基于人类参考基因组(hg19)基因组组装,使用基因组注释工具ANNOVAR(Wang等,2010)重新注释变体数据。 通过