smallRNA polymRNA:小RNA和多核糖体测序数据的处理和分析 源码

smallRNA-多核糖体序列 用于处理和分析小RNA和多核糖体测序数据的脚本。 使用WBcel235进行注释。 依存关系 fastQC(v0.11.9) cutadapt(v2.10) 领结2(v2.3.4.3) samtools(v1.11) miRDeep2(v2.0.1.2) FeatureCounts(Subread,v2.0.0) edgeR(v3.11) 生物基质(v2.46.0) HISAT2(v2.10) 管道 小RNA序列 秀丽隐杆线虫基因组注释: C.elegans.WBCel235.96.gtf.gz 秀丽隐杆线虫参考基因组: : 成熟的秀丽隐杆线虫miRNA: : cel fastQC(1).sh :读取质量的初步评估 cutadapt(1).sh :删除序列适配器 fastQC(1).sh :评估适配器移除后的读取质量 bowtie2.