GDAN_LIHC CHOL_SNV_clustering:GDAN LIHC CHOL SNV聚类 源码

GDAN LIHC-CHOL SNV聚类 这是摘要文本相关部分的更新: 每个样品都分配了一个26基因的二元特征向量(0 =无突变; 1 =有突变)。 使用ConsensusClusterPlus(软件包版本1.40.0; R版本3.4.1),通过使用二进制距离度量(等效于Jaccard距离)在围绕仿体(PAM)的聚类算法进行分区的情况下,对1000个重复样本中的80%的样本进行了二次抽样,从而实现了无监督共识聚类。 ,生成4个群集。 以下是这些详细信息的清单: R版本3.4.1 ConsensusClusterPlus版本1.40.0 ConsensusClusterPlus()选项: maxK = 10#我们选择k = 4作为最佳聚类数 reps = 1000#二次采样数 pItem = 0.8#我们在每个子采样中选择了80%的采样 pFeature = 1.0#每个子采样中包含