minimax_CNV:使用Minimax方法进行罕见的CNV关联分析(正在进行中) 源码

Minimax方法用于稀有拷贝数变异的基因集富集分析 这是使用MORST方法执行稀有拷贝数变异分析的基因集富集分析的代码库。 要设置环境,可以使用setup_conda_env.sh ,它可以在任何Linux系统和Window的WSL中​​运行。 数据模拟 使用来自的GItest_demo.r运行用于基因集富集分析的模拟数据。 此数据集的CCRET结果是CCRET p-value of GI effect adjusting for length and dosage = 0 6.109567e-09 。 数据位于data/文件夹中: mycnv2_ds.txt包含基因剂量矩阵(具有条目0、1、2、3、4)。 mycnv2_gi.txt包含基因重叠矩阵(0,1,2) mycnv2_ln.txt包含事件长度矩阵。 mycnv2_yy.txt包含表型(二进制0,1)。 在与MO