bon鱼:Bonito 牛津纳米Kong阅读的PyTorch Basecaller 源码

鲣 牛津纳米Kong读取的PyTorch Basecaller。 $ pip install ont-bonito $ bonito basecaller dna_r9.4.1 /data/reads > basecalls.fasta 如果以.fasta或.mmi格式提供参考,则bonito将以sam格式输出。 $ bonito basecaller dna_r9.4.1 --reference reference.mmi /data/reads > basecalls.sam 当前可用的模型是dna_r9.4.1 , dna_r10.3 。 开发人员快速入门 $ git clone https://github.com/nanoporetech/bonito.git # or fork first and clone that $ cd bonito $ python3 -