Bartelo ANGSD Final Project 源码

Bartelo-ANGSD-最终项目 到目前为止我们所做的3/20 将所有9个样本读取下载到SCU中 对所有9个fastq文件运行FastQC,并制作了multiQC报告。糖尿病小鼠似乎存在问题。 使用主程序集.gtf和.fa文件创建用于STAR比对的参考基因组。我们使用主程序集是因为Merv告诉我们这是一个好主意,并且可以在“下载并开始处理Alignment”文件中找到更好的解释。 使用STAR将参照序列比对读取。 对所有文件运行bamQC,发现没有错误值得我们关注。 在所有对齐文件和生成的多图QC pdf文件上运行QoRT。 看着IGV浏览器,确定的读段被困住了,因为它们都指向同一基因的相同方向。 接下来要做的事情: 在“计数读数”中概述的所有样本上使用featureCounts,并按照此处显示的课程注释将结果读入R,并创建所有图形以比较样本: : 还是C:\ Users \ nic