hapROH:呼叫ROH的软件 源码

hapROH 使用参考单倍型从古代和现代DNA调用ROH的软件。 作者:Harald Ringbauer,2020年9月根据GNU通用公共许可证v3.0发布的代码 python软件包hapROH背后的开发代码。 有关当前版本和安装的详细信息,请参见 。 这是用于开发的git存储库,以及hapROH出版物中使用的代码(预印本,为 ) 该代码是实验性的,旨在在芝加哥大学中途集群上运行。 hapROH软件包的代码可以在./package/找到 我不在这里共享数据,因此这些笔记本中的大多数代码将无法运行。 出于透明原因共享代码。 如果您需要一些数据,请随时直接与我联系。 有关文件夹结构的内部说明: 数据准备: 对于1240k参考数据:有一个笔记本prepare_1000genomes.ipynb :它将1000个基因组下载到本地计算机,并准备下采样和干净的1240k数据(子采样到双等位基