P MFC:QIIME2和R脚本16S排序管线和分析 源码

P-MFC v 0.1 Gene Drendel博士项目分析,应用和环境微生物学小组LTU的生物信息脚本存储和版本控制。 初始脚本上传涵盖了HPC和R数据的准备,处理和分析,如下所示。 HPC脚本 基本脚本文件夹包含Daniel Rice的原始脚本模板,以及修改后的工作基础脚本,此后所有更改都已从该模板中进行。 盖子: 基本的HPC设置命令 原始测序数据导入 使用QIIME2进行处理 主要输出是: 分类表 OTU / ASV表 系统发育树 R脚本 Base Script文件夹包含Jennifer Wood的原始脚本模板,以及修改后的工作基础脚本,此后所有更改都已在其中进行。 涵盖了从HPC输出导入的数据。 用于分析的主要软件包: 菲洛塞克 AmpVis2 皮克斯