SpongeModule:预测miRNA海绵模块的计算机方法 源码

海绵模块 介绍 预测竞争性内源性RNA(ceRNA)或microRNA(miRNA)海绵模块是揭示模块一级ceRNA调控机制的挑战和有意义的任务。在此背景下的模块代表相互竞争的miRNA海绵组,它们容易成为实现生物学过程的功能单元。现有的用于识别miRNA海绵模块的计算机方法可分为三种类型:(i)基于网络的聚类,(ii)矩阵分解和(iii)逐步评估。 五个代表性模块发现方法进行比较 -基于网络的群集:SC + MCL,SPONGE + MCL -矩阵分解:CeModule,LAceModule -逐步评估:LMSM 五个代表性模块发现方法的用法 将包括脚本和数据集在内的所有文件粘贴到一个文件夹中(将该文件夹设置为Matlab和R环境的目录),在“脚本”文件夹中实现了五种代表性模块发现方法的脚本。注意,某些脚本在Matlab上运行,而某些脚本在R上运行。例如,用户可以使用LMSM方法简单