master_thesis:Huy Duc Nguyen和Frederik Platz完成的硕士论文的代码库 源码

硕士论文 惠·德·阮(Hay Duc Nguyen)和腓特烈·普拉茨(Frederik Platz) 该存储库包含我们在奥尔堡大学的阿尔伯森实验室(微生物多样性部分)进行的硕士论文的代码库。 论文目的 本文旨在为10.000个光照序列浅层基因组的分类学分类和ARG挖掘建立一条流水线。 此外,它的目的是通过在170个农业样本中使用该管道来提供农业元数据。 通过在WWTP样本上测试各种工具来建立管道。 对这些进行了评估,有的则被丢弃。 剩下的工具可用于约500个来自丹麦微生物群落(MFD)的样品,并选择了分类分类器和ARG采矿工具的最终选择。 最后 资料夹结构 文件夹结构的描述。 WWTP_Sequences 通过在WWTP样本上测试各种工具来建立管道。 然后对它们进行评估,并丢弃其中的一些。 此文件夹包含用于此分析的代码 菌群 剩下的工具可用于约500个来自丹麦微生物群落(MFD)的样品