S3V2_IDEAS_ESMP:S3norm ver2 + IDEAS表观状态主峰列表 源码

S3V2_IDEAS_ESMP:用于对不同细胞类型的表观基因组数据进行规范化,去噪和整合的软件包 S3V2-IDEAS软件包首先通过S3V2对平均读取计数进行归一化,然后使用IDEAS进行基因组分割或在多个数据集中调用主峰列表。 该软件包将bigWig文件用作输入。 图1. S3V2-IDEAS软件包的概述。 S3V2-IDEAS软件包中有两个主要步骤:(A)通过S3V2进行数据归一化和去噪步骤,以及(B和C)通过IDEAS进行数据集成步骤。 数据集成步骤有两种模式。 (B)在表观遗传状态模式下,可以将多个表观遗传特征整合到表观遗传状态模型(D)中。 (C)在信号强度状态模式下,一种表观遗传特征的信号可以聚类为不同的信号强度状态(E)。 (F)可以从多种细胞类型的信号强度状态轨迹中提取其他主峰列表。 ############################################