project 1 tinman:由GitHub Classroom创建的project 1 tinman 源码

项目描述 关于此存储库的用途及其包含的内容的简要说明 贡献者 特蕾莎·赖斯 Maha Shrivastava-arushi08@bu.edu 储存库内容 提供此仓库中每个脚本/代码文件的简要说明,其作用以及如何执行 r_commands.R R脚本读取原始的Affymetrix UI33 Plus 2.0芯片数据,一起对数组数据进行归一化,执行RLE和NUSE,作为所有质量控制措施,均使用R封装affy的功能。 这些QC测试的图可以从RStudio导出。 使用ComBat校正的批处理效果并导出为csv。 使用prcomp()执行主成分分析,结果数据用于绘制PC1对PC2。 为了确保所有Bioconductor软件包都能一起使用,使用了BiocManager。 其他必需的软件包包括:“ affy”,“ affyPLM”,“ sva”,“ AnnotationDbi”,“ hgu13