马斯特2021 源码

马斯特2021 大纲 用于分析MAESTER数据的脚本集合。 此大纲(也是本文的补充图5)显示了如何使用脚本。 1_预处理 过滤细胞条形码(CB),并从Read 2 fastq的读取ID中的Read 1 fastq生成具有CB和唯一分子标识符(UMI)的fastq文件。 assembleFastq.PvG210215.R 对齐后,获取bam文件,并将读取的ID中的CB和UMI添加为bam标签。 Tag_CB_UMI.PvG191004.sh 通过执行额外的QC并生成野生型/突变细胞表来处理IronThrone-GoT摘要表。 201116_GoT_QC.R 取得MAEGATK的输出,并沿