SingleMoleculeFootprinting:用于SMF数据分析的R包 源码

单分子印迹 介绍 SingleMoleculeFootprinting是围绕构建的R软件包,专门用于分析单分子足迹(SMF)数据。 SMF是在开发的一种高通量测序技术。 它包括使用外源甲基转移酶在GpC和CpG环境中标记可及的基因组胞嘧啶,以及随后进行的亚硫酸氢盐测序(BS)。 因此,受DNA相互作用蛋白(例如TF,核小体,GTF等)结合保护的胞嘧啶将被甲基化,而可及的胞嘧啶将被甲基化。 使用本程序包,我们提供了从对齐的bam文件到单个站点结果的生物学解释,执行基本SMF数据分析的功能。 前言:预处理SMF数据 为了确保与我们的下游工具兼容,我们建议使用QuasR函数对齐测序读数,如下所示