rnalign2d:使用MUSCLE和二级结构数据执行RNA的多序列比对的Python工具 源码

RNAlign2D RNAlign2D是一种Python包装器,它允许使用有关二级结构和序列的信息来比对多个RNA分子。 为此,使用了MUSCLE程序,但可以对其进行调整以使用任何其他多序列比对工具。 该工具首先去除常见的RNA修饰,然后将RNA序列和二级结构转换为假氨基酸序列(请不要误解翻译过程-这只是技术解决方案),然后使用MUSCLE来比对假氨基酸序列。 最后恢复过程,并恢复与原始序列和二级结构的比对。 点括号格式 格式,成对残基标记为方括号(),未成对残基标记为点。 例如,包含发夹的简单结构(茎长度为5个残基,环的长度为6个残基)可能看起来像:........(((((((....