POP序列 源码

分析POP-seq数据的管道(从比对到峰调用) 图1: K562细胞中POP-seq方案的完整工作流程和数据分析(A)使用trizol裂解细胞以产生三个相(水相,相间和有机相)。 使用RNase A / T1混合物,蛋白酶K和DNase消化来自POP-seq变体的细胞裂解液,然后进行r-RNA消耗,RNA质量检查和文库制备以进行照明测序(B)POP-seq数据处理和下游分析的工作流程。 先决条件 根据用户手册安装以下软件: fastqc( ) Samtools( ) Bedtools( ) Hisat( ) 食人鱼( )(来自史密斯实验室) 数据集公共访问: UCSC-