ab12phylo:AB12PHYLO:易于使用的集成应用程序用于ML系统发育树推断 源码

AB12PHYLO 是一个集成的,易于使用的管道,用于根据ABI测序数据推断最大似然(ML)系统树。 AB12PHYLO的核心是运行并行实例(Kozlov等,2019),并在参考数据库中进行BLAST搜索。 它基于系统发生的位置和序列相似性,实现直观,轻松的样品识别,并借助Tajima D等指标对种群子集进行选择,以评估正在进行的进化。 开发AB12PHYLO来鉴定植物病原体种群,可能是通过与茄属的平衡选择,尤其是在链格孢菌(Alternaria)中。 尽管全基因组测序的兴起,尽管多基因系统发育仍是一种广泛使用的方法,将来可能会在真菌性植物病原体或宿主植物上应用。 安装 推荐的安装AB12