AutoDock4和AutoDockTools4:具有选择性接收器灵活性的自动对接

自动对接已广泛用于结构/功能分析和分子设计中的生物分子复合物的预测。提供了数十种有效方法,在分子表示,能量评估和构象采样中采用了不同的权衡取舍,从而以合理的计算量提供了预测。 AUTODOCK结合了经验自由能力场与拉马克遗传算法,提供与关联的预测自由能结合构象的快速预测。 在我们手中,AutoDock3已被证明对我们研究的大约一半复合物有效。其余的一半在结合时显示受体的显着运动,因此需要在受体中进行更复杂的运动模型,通常在AutoDock3外部执行。这里描述的新版本的AutoDock-AutoDock4-结合了受体中指定侧链的显式构象建模来解决此问题。此功能还为分析共价连接的配体提供了一种有效