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BWT轮换之桶排序实现

上传者: 2020-09-19 20:06:14上传 ZIP文件 58.76KB 热度 27次
BWT(Burrows-Wheeler Transformation)算法在人类基因组测序方面有很重要的应用,开放源码的bzip就是bwt压缩算法的成功案例。关于这里的其他知识可以去看维基百科。这篇文章主要介绍我设计的一个生成BWT算法所需的 L(也就是轮换矩阵最后一列)的桶排序的方法。 问题输入:一个2 M的人类基因组一条基因的序列chr1.fa。文件内容是NACGT字母的乱序。整个文件是一个完整的序列。 要求输出: BWT算法的L串。
用户评论
码姐姐匿名网友 2020-09-19 20:06:15

一个用于块压缩的经典方法!

码姐姐匿名网友 2020-09-19 20:06:15

专门用于DNA序列的四个碱基,程序能够运行,但最后没用上,还是使用了BWT压缩算法的作者开发的源程序,不过还是非常感谢!

码姐姐匿名网友 2020-09-19 20:06:16

k哦。之前写一个程序要用到bwt这个算法,就直接抄过来了,还很好用。