KAMI:用于建立细胞信号传导模型的生物管理库 源码

KAMI:知识聚合器和模型实例化器 KAMI:Knowledge Aggregator和Model Instantiator是一个半自动的生物固化平台,可为用户提供工具,以逐步聚合有关不同出处的各个蛋白质-蛋白质相互作用,其注释,可视化和进一步实例化的生物学事实,以建立基于规则的具体系统的模型并执行假设检验。 关于项目 该平台允许通过图形界面或API通过程序输入带注释的生物学事实。 输入的事实可以以上下文相关的方式自动与现有模型合并(模型中存在的知识会影响这些事实的解释方式,因此会与模型合并)。 该模型本身是一个图层次结构(ReGraph核心数据结构的一个实例)。 除了用户输入的知识外,层次结构还包含KAMI用来解释相互作用的专业知识,例如,蛋白质家族的定义,蛋白质变体的定义,特定蛋白质结构域的语义。 这些专家知识既可以从公开可用的数据(例如UniProt,Pfam,InterPro数据库