Advanced R: Data Programming and the Cloud

Advanced R: Data Programming and the CloudEnglish | 2016 | ISBN: 1484220765 | 279 pages | PDF | 11.61 MBProgram for data analysis using R and learn practical skills to make your work more efficient. This book covers how to automate running code and the creation of reports to share your results, aAdvanced R: Data Programming and the CloudMatt WileyJoshua F. wileyElkhart Group ltd. victoria CollegeElkhart group ltd victoria ColleColumbia City, IndianaColumbia citv, IndianaUSAUSAISBN-13(pbk):978-1-4842-2076-4ISBN-13( electronic):978-1-4842-2077-1DOI10.1007/978-1-4842-2077-1Library of Congress Control Number: 2016959581Copyright o 2016 by Matt wiley and joshua F. wileyThis work is subject to copyright All rights are reserved by the Publisher, whether the whole or part of thematerial is concerned specifically the rights of translation, reprinting, reuse ofillustrations, recitationbroadcasting, reproduction on microfilms or in any other physical way, and transmission or informationstorage and retrieval, electronic adaptation, computer software, or by similar or dissimilar methodology nowknown or hereafter developedTrademarked names, logos, and images may appear in this book. Rather than use a trademark symbol withevery occurrence of a trademarked name, logo, or image, we use the names, logos, and images only in aneditorial fashion and to the benefit of the trademark owner, with no intention of infringement of the trademarkThe use in this publication of trade names, trademarks, service marks, and similar terms, even if they arenot identified as such, is not to be taken as an expression of opinion as to whether or not they are subject toproprietary rightsWhile the advice and information in this book are believed to be true and accurate at the date of publication,neither the authors nor the editors nor the publisher can accept any legal responsibility for any errors oromissions that may be made. The publisher makes no warranty, express or implied, with respect to thematerial contained hereinManaging Director: Welmoed SpahrLead Editor: Steve AnglinTechnical reviewer: Andrew moskowitzEditorial Board: Steve Anglin, Pramila Balan, Laura Berendson, Aaron Black, Louise Corrigan,Jonathan gennick, Robert Ilutchinson, Celestin Suresh John, Nikhil Karkal, James MarkhamSusan McDermott, Matthew Moodie, Natalie Pao, Gwenan SpearingCoordinating Editor: Mark PowersCopy Editor: Sharon WilkeyCompositor: SPi GlobalIndexer: SPi Globalrtist: SPi gloDistributed to the book trade worldwide by springer Science+Business Media New York, 233 Spring Street,6th Floor, New York, NY 10013. Phone 1-800-SPRINGER, fax(201)348-4505, e-mail orders-ny@springer-sbm comorvisitwww.springeronline.comApressMedia,LlcisaCaliforniaLlcandthesolemember(owner)isSpringerScience Business Media Finance Inc(SSBM Finance Inc). 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6Chapter 6: Writing a Package■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■国■国■■■■■■■■■83Chapter 7: Introduction to Data Management Using data table mmmmmm 115Chapter 8: Data Munging with data table me141Chapter 9: other Tools for Data Management.159Chapter 10: Reading Big Data(bases)amamammmma 181Chapter 11: Getting a cloud199Chapter 12: Cloud Ubuntu for Windows Users.■■国■■■■■■■■■国■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■國■国噩■■■■211Chapter 13: Every cloud has a shiny lining amaaa■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■225Chapter 14: Shiny Dashboard Sampler am mmamnnaaaiinin 239Chapter 15: Dynamic Reports and the cloud253Referencesw27ndex275ContentsAbout the AuthorsAbout the technical reviewer mXVAcknowledgments■■■國■■■■■■■■■■■■■■■■■■匪■■日■■■■■■■■■日■■■■园国E■■■■口日国■■EE■■■■国■■■口B口国■■■■Introduction…aixChapter 1: Programming basics.an■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■日■■■■■■■■■■■■■■■■■Advanced r software choicesReproducing ResultsTypes of objects■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■11225Base operators and FunctionsMathematical Operators and Functions…,…■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■国■■■■■■口■■■■■■■■■口■■■■■References■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■Chapter 2: Programming utilities mmmammmmm 17Help and documentation17■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■口■■■■目■■System and Files mmmmmmmmmm 18npI■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■B■■■■日口■■口■230 utput.…25References国■■■■27Chapter 3: Programming Automation aaaa■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■290ops..…■口■口■■口■■口■口口■口■29Flow control32*apply family of FunctionsFinal Thoughts2CONTENTSChapter 4: Writing Functions■■■■■国■■■■■国■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■国■■■■Em■口国■■43Components of a Function■口■■■■■■■Scoping…■■■■■■■■■■■日■■■■■44Functions for FunctionsDebugging…,,,,…,,,,,,,,,,,,…………,……,52Summary ..m...m...e....59Chapter 5: Writing Classes and Methodsuamamaa amaa 61S3 System.....................61S3 ClassesS3 Methods64S4 System71S4 Classes72S4 Class Inheritance,76S4 MethodsSummary……■■■■■■■■■■■■■■……80Chapter 6: Writing a Package amaammamanaa anan 83Before you get started■■■■■■日■■■■■■■■■83Version Control84R Package Basics…,,,89Starting a Package by Using Dev Tools■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■国■重面国日日日日■日目■口重■面昌■■Adding R code92Tests■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■D■口■目■口a■■93Documentation Using roxygen298Functions99Data102C| asses…■■国日■■■目目面■■■■国1■口103Methods灬Building, Installing, and distributing an R Package107Summary…112CONTENTSChapter 7: Introduction to Data Management Using datatable mma 115Introduction to data table115Selecting and Subsetting Datan120Using the First Formal120Using the Second Formal122Using the Second and Third Formals.aaacanaanuaunannasaeutnann 123Variable Renaming and Ordering .Computing on Data and creating variables■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■日■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■日■■■■a■■■127Merging and Reshaping data■■■■■■■■■■■口■口口……130Merging Data130Reshaping Data mmaneaammnmmcnnammnanmamacaacnmanmam 136Summary140Chapter 8: Data Munging with data table aaaaamanannmamnanannm 141Data Munging /Cleaning■■■■日■■■■日■■■■■■■■■■■■■■『■■■■■■■■■■目■■■■■■■■■日■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■口■■■■■■■■■142Recoding Data m.mamannnananmnmacnnamnmeccannamnnaanncannnnn 143Recoding Numeric values. mmm.....m 148Creating New variables...,.,,…,…,150Fuzzy Matching152Summary■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■157Chapter 9: other Tools for data Management 159Sorting,,,,,,,,,,,,,,,160Selecting and Subsetting amm.Variable Renaming and Ordering168Computing on Data and Creating variablesMerging and Reshaping data.mm.n173Summary…■口國■■■CONTENTSChapter 10: Reading Big Data(bases)■■国■■■目圆■■口■■■a■■■■■■■■区■国国目■■181SQLite■口■■■■■■■182Installing SQLite on Windows182SQLite and r. nmmmmmmmmmPostgreSQl_......................186Installing PostgreSQL on Windows.mmm..mmamammmammmmmmmmmmnn 186PostgreSQL and R…,...,...,,,,,…,,,,,…187MongoDB■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■量■■n……n190Installing MongoDB on WindowsMongoDB and R.….,,,,,,,,……192Summary■■■■■■■■■■■■■日■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■日■■■■■■■■■■■日■■■■■■■■■■■■日■■196Chapter 11: Getting a Cloud99■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■日■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■国■■■■日E■■■园圆■■■■■■Disclaimers■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■目■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■■199Starting Amazon Web Services. ........................................200Accessing Your Instances command linel■■口■205pleading Files to Your Instance……207Final Thoughts.mm. NaIAd■■■■■■■■■■■■■■■209Chapter 12: Cloud Ubuntu for Windows Users.■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■目■■■■■■■■■■■■■■■■国圆口■■■■211Common commands211Superuser and Security213Installing and Using R mcmanaman 215Installing and Using STudio Server…218Installing Microsoft Ra mmmm.■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■Ⅱ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■日■■■■■■■■■■■■222Installing Java. mnatninanennenanamnonaonamannomaaanneaannon 224Installing Shiny on Your Cloud..■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■夏■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■224Final Thoughts.CONTENTSChapter 13: Every Cloud has a Shiny Lining..■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■B■■■■■■■■■■■■■■225The basics of shin225Shiny in Motion232Uploading a User File into Shiny234Hosting Shiny in the Cloud■■■■■口■■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■Ⅱ■236Final Thoughts238Chapter 14: Shiny Dashboard Sampler maa mamamammmmammnanaIInia 239A Dashboard's bones239Dashboard header241Dashboard sidebar241Dashboard body243Dashboard in the cloud■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■口■■日■■■■■■日■■■■■■■■■■■■口■■■■■■■■■■Ⅱ■■■■■■■■■■目■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■245Complete Sampler Code247References251Chapter 15: Dynamic Reports and the cloude raen■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■国■■■■■■■253Needed software■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■,,253ocal machine■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■■■■日■■口■■253Cloud Instance254Dynamic Documents■■■■口■■■■■■口■■■■■■■■■■■■■■■■■口■■■■日■口■■■■日■Ⅱ■■■■■■■■■■■■■■■■日■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■口■254Dynamic Documents and shiny■■口■■■■■■■■■■Ⅱ■■■■■■■■■■■a■258server R258uiR■■■■■■261report. Rmd263Uploading to the cloud■■■■269Summary........,,,■■■■■口■■■■■26References271ndex■■■■■■■E■■■■■■■■■■■■■■国■国■■■■围■■■■■国■■■■■画■口■口■■■■■■■■■ga275