phylip工具

构建进化树可以用DNA序列，也可以用protein序列。一、利用phylip进行蛋白序列进化树分析步骤1.运行Clustalw，得到protein.phy文件；2.运行seqboot，输入protein.phy文件，输出protein_1.outfile。R选择1000，seednumber：3，然后选择Y。将得到的protein_1.outfile改名为protein_2.infile。3.运行protpars，输入protein_2.infile，输出protein_2.outfile和protein_2.outtree。J选择3(seednumber)，5(jumplenumber)，M值选择D，然后输入1000（sets）。